1918. április 10-én született Budapesten. Apja Botta Ferenc tanító, édesanyja Péczely Margit. Öt éves korában édesapja meghal.
1936-ban érettségizik a budapesti Werbőczy Gimnáziumban. 1940-ben fejezi be teológiai tanulmányait Sopronban.
1940-től Fóton, 1941-től Rákos-palotán, 1942-től Kelenföldön segédlelkész. 1944-től az óbudai gyülekezetben szolgál vallástanárként. Mellette jogot és bölcsészetet tanul.
1944-ben feleségül veszi Martin Nórát. Három gyermekük születik.
1948-ban megpályázza az óbudai lelkészi állást. Az állam ide Dezséry László akkori egyetemi lelkészt akarja megválasztatni. Egyes presbitereket állásvesztéssel fenyegetnek, ezért ő kénytelen visszalépni. 1949-től újra Kelenföldön szolgál előbb helyettes vallástanárként, később vallástanárként, majd másodlelkészként. A kitelepítettek támogatása és az eleven ifjúsági munka miatt többször összeütközésbe kerül az egyházvezetéssel, illetve az ÁEH-val.
1956 novemberében a Sajtóosztály ügyvivői teendőinek ellátásával bízzák meg. Tisztsége alól 1957-ben felmentik.
1959-ben Tordasra kényszerítik, ahol családjától elszakítva él. 1986-ban megy nyugdíjba.
A MTA Irodalomtudományi Intézetének Reneszánsz-kutató csoportjában a 16. századdal foglalkozik. A Keresztyén Igazság új folyamának kezdettől szerkesztője, 1991-től főszerkesztője.
Botta István 1999. március 15-én hunyt el.
Botta István főbb művei :
Keresztyén hit és élet (Gimn. III.o. hittankönyv) Bp. 1949.
Bibliai történetek az általános iskola I. és III. osztályos tanulói részére Bp. 1954.
Bibliai történetek az általános iskola II. osztályos tanulói részére Bp. 1957.
Mélius Péter ifjúsága Bp. 1978.
Dévai Mátyás, a magyar Luther Bp. 1990.
Huszár Gál élete, művei és kora (1512-1575) Bp. 1992.
Különböző folyóiratokban számos cikke, tanulmánya olvasható.
Megjelent: Mirák Katalin (szerk.): Nem voltam egyedül I. kötet, MEVISZ 1995. (67-90.o.)