1918. április 10-én született Budapesten. Édesapja cinkotai tanító volt, akit ötéves korában elveszített. Ekkor édesanyjával és két testvérével nagyszüleihez költöztek Pándra. Nagyapja nyugdíjba menetele után a család a szegénység miatt három részre szakadt, ő nagyszüleinél maradt.
Keresztapja, Hüttl Ármin támogatta a tanulmányaiban, így tudta elvégezni a gimnáziumot, majd a Teológiát.
1940-ben Fótra került segédlelkésznek, onnan 1941-ben Rákospalotára, 1942-ben pedig Kelenföldre helyezték. Itt Ordass (ekkor még Wolf) Lajos mellett szolgált. 1943-tól az óbudai gyülekezetben előbb megbízott, majd megválasztott vallástanár volt. Ebben az időben a gyülekezeti és a fővárosi állása mellett hallgatója volt a jogi-, később pedig a bölcsészettudományi karnak. A jogi diplomától egy vizsga választotta el, amit azért nem tett le, mert nem volt hajlandó megtanulni az új, szovjet típusú alkotmányt. A bölcsészkaron irodalomtudományt és filozófiát tanult.
1944-ben kötött házasságot Martin Nórával. Isten három gyermekkel áldotta meg őket.
1948-ban megpályázta a megüresedett óbudai gyülekezeti lelkészi állást. Bár a többség őt szerette volna megválasztani, a közvetlen állami beavatkozás ezt megakadályozta. A legfelsőbb állami akarat jelentős nyomásként nehezedett a presbiterekre, ennek terhét Botta István nem tudta vállalni, a pályázattól visszalépett. Helyette a nem sokkal később püspökké lett Dezséry Lászlót választották meg.
Egy év múlva az ideiglenesen megüresedett kelenföldi vallástanári állás betöltésére kapott felkérést, ahol 1950-ben véglegesítették. Az ekkortájt kezdődött vészterhes években, amikor a fővárosiakat a kitelepítés fenyegette, Botta István a gyülekezeti ifjúság bevonásával igyekezett menteni az erre a sorsra jutottak vagyonát, többeknek ezzel biztosítva a túlélést a legnehezebb időkben.
Óbudán és Kelenföldön egyaránt jelentős ifjúsági munkát végzett. Csoportjainak tagjai közül sokan a mai napig hűséges tagjai egyházunknak. Ez, a kitelepítettek támogatásának szervezése és a felsőbb akarattal való többszöri konfliktusa miatt szálka volt a hatalom szemében. Többször fenyegették meg letartóztatással.
1950-ben aláírta azt a petíciót, amely az egyház életébe való nyílt és durva állami beavatkozás elleni tiltakozásként született. Többször ellenőrizték támadó szándékkal a munkáját, nyilvántartásait, de azokban hibát soha nem találtak.
A 40-es, 50-es években több hittankönyve jelent meg. Jelentős himnológiai munkát is végzett, részben Schulek Tiborral közösen. 1956 novemberében megbízták az Evangélikus Sajtóosztály vezetésével. Megbízatásából 1958 elején - a visszarendeződés jegyében - felmentették.
1958. december 31-én délelőtt felhívta telefonon Vető Lajos püspök azzal, hogy állami akarat szerint az éjjel fél 12-kor kezdődő istentiszteletet még megtarthatja, de ha az éjfélt akár csak egy perccel is túllépi, letartóztatják. Megígérte, hogy zavarkeltés nélkül távozik a gyülekezetből, egy feltétellel: az addig oly sokat szenvedett Kendeh György kelenföldi paróchus lelkészi állásában megmaradhasson. Bár ezt megígérték neki, ígéretüket nem egészen három év múlva megszegték.
Botta Istvánt egy távoli, a nyugati határ közelében fekvő gyülekezetbe akarták először helyezni, de ezt ő nem fogadta el. Így került 1959-ben Tordasra, ahol 1986-os nyugdíjazásáig szolgált. Idővel a gyúrói gyülekezet is hozzá tartozott.
Hogy meg tudjanak élni, felesége nem adhatta fel a Nemzeti Bankban betöltött állását. Ettől kezdve - közel három évtizeden át - családjától elszakítva élt, felesége a három fiúval Budapesten maradt. Hetente egy-másfél napot tölthettek együtt, egy ideig még a kelenföldi paróchián, amit később el kellett hagyniuk, és egy kis szoba-konyhás körúti lakásba kellett költözniük.
Botta Istvánt mindig is vonzotta az egyháztörténelem. A reformáció korának Magyarországát tanulmányozva szabad idejének jelentős részét fordította levéltári kutatásokra. Ennek elismeréseként 1970-ben Klaniczay Tibor meghívta a Magyar Tudományos Akadémia Irodalomtudományi Intézete Reneszánsz-kutató Csoportja tagjának. Mélius Péterről 1978-ban, Dévai Mátyásról 1990-ben, Huszár Gálról 1992-ben jelent meg monográfiája.
Az Ordass Lajos Baráti Körnek alapító tagja volt. Kezdetektől szerkesztője, egy időben pedig főszerkesztője volt az újraindult Keresztyén Igazság című lapnak.
Botta István életútján néhány perc alatt végigtekintve egy eredményekben, küzdelmekben, sokszor fenyegettetésben gazdag, földi elismerésben azonban nem bővelkedő pálya rajzolódik ki előttünk. Hisszük azonban, hogy az Igazságos Bíró néki is elkészítette a legtöbbet, az élet koronáját.
Megjelent a Keresztyén Igazság 42. számában (1999. nyár)